İmam bu konuda şöyle buyuruyor

 “Seyyid Ebu-l Hasan, Mirza Naini, Merhum Şehristani ve merhum Halisi’yi Irak’tan İran’a sürgün ettiler. Çünkü onlar o zalimlerin aleyhinde konuşuyorlardı. Onları toplayıp sürgün ettiler ve biz bütün bunlara şahit idik.”
İsfahan’dan da yüzlerce alim Rıza Han’ın siyasetlerine itiraz amacıyla  Kum’a hicret etti. Bu da Kum ilim havzasında müspet bir etki yarattı. Örneğin: İmam hicret edenlerden Muhammed Rıza Necefi’nin yanında Darvin teorisini öğreniyor ve eleştiriyor idi. Elbette yeni teorilerin klasik anlamda öğrenimi İmam hakkında nakledilmemiştir; Genelde o günün Kum şartlarında böyle bir imkan yoktu. Ama yeni bir şüphe olarak ortaya çıkan Darvin teorisine önem vermesi gerçekten “Kendi zamanının dünyasının meselelerini bilme” açısından dikkat çekicidir.
İmam’ın, o sıralarda Rey şeyrine giderek Rıza Han tarafından oraya sürülen merhum Bafki’yi ziyaret etmesi zalim düzene karşı mücadele verenlere ne denli muhabbet ve ilgi duyduğunu göstermektedir.
O günlerin gazete ve yayınlarını dikkat ile takip ederek gelişmelerden haberdar olması İmam’ın ileri görüşlü, aydın birisi olduğunun göstergelerindendir. “Bu gibi işler kültürel değerlere aykırıdır” denildiği bir zaman ve ortamda İmam bu genel havayı, mücadele hazırlığına doğru ilerletmek için çaba sarf ediyordu. O zamanlarda İmam’ın Milli Şura’nın bazı açık oturumlarına katılması da bu cümledendir.
İmam’ın çehresinin henüz genç yaşta parlamasının nedeni sadece toplumun hassasiyetine ve siyasi meselelerine önem vermesinden değildi. Aslında bir alimde aranan ilim, sadakat, takva, iman, açık sözlü olmak, farz ve sünnet bütün amellerin yerine getirilmesi gibi özellikleri İmam’ı öylesine mukaddes ve sevilir hale getirmişti ki; merhum Ayetullah Hairi gibi ilim havzasının ileri gelenlerinin yanında özel bir yeri vardı. Onun bu özellikleri sebebiyle kendisinden, Hukmi Zade’nin “Bin Yıllık Sırlar” adlı kitabına cevap yazması istenildi. O da sorumluluk hissederek derslerini bir süre tatil edip bu önemli işle meşgul oldu.
İmam’ın cevap olarak kaleme aldığı kitabının en önemli özelliği, belirli hedefler ve akide üzere alternatif programların sunulmasıdır.
Onun koyduğu asıl alternatif, fakihin hakimiyetiyle ilahi kanunlara dayalı bir hükümetin kurulmasıdır. Ama o günlerde bunun pratikten uzaklığı nedeniyle o anlık, en azından fakih olmayan birinin ilahi kanunlara dayalı bir hükümetini de onaylıyordu.
Rıza Han’ın kaçması ve o günün toplumsal şartları İmam’ı yeni fikirlere doğru yöneltti. İşte o zamanlarda İslam hükümetinin teşkili önünde büyük bir engelin bertaraf olduğunu, bir kıyamın dinin hakimiyetini gerçekleştireceğini hissediyordu. Alimlere hitap bir mesajın da şöyle buyurmuştu:
“Haydi ey İslam alimleri ! . Bu gün . ıslah yapılması için gerekli en iyi gündür. Eğer fırsatı kaçırır ve Allah için kıyam etmezseniz. Bir avuç laubali ve şehvetperest kimseler sizlere hakim olacaktır !”
Ama zaman İmam’ın istediği yönde ilerlemedi ve Rıza Han’ın oğlu, emperyalistlerin planı ile başa geçti.